Личный опыт этнопопуляционного ДНК-тестирования

andvari5 — 26.05.2022

В этом посте не будет чего-то интересного по археологии,  истории или палеогенетике.  Просто хочу сохранить кое-какие свои материалы, личный опыт ДНК-тестирования и использования этнокалькуляторов.

Генетика меня заинтересовала давно, лет двенадцать назад, когда мне было еще лет двадцать. Интерес этот возник на общей волне тяги к истории, антропологии и этнографии.  Правда в те времена популяционная генетика ограничивалась, в основном, исследованием гаплогрупп. Однако я избежал того периода, когда мало знаешь о предмете и очень легко повестись на какие-нибудь сомнительные теории. Короче, какой-нибудь клёсовщиной я не увлекался и довольно быстро нашёл ресурсы, где общались профессиональные генетики и очень увлечённые любители.  С той поры генетика шагнула далеко вперёд, особенно палеогенетика, исследование древних образцов. Очень "урожайным" был 2015 год, когда началось массовое тестирование древних образцов.  Всё это, естественно, подстёгивало мой интерес.  Ещё довольно интересны были результаты частных тестирований. Бывало, что люди обнаруживали вполне заурядные результаты, типичные для их группы, а бывало, что находилось что-то необычное. Например, люди обнаруживали какой-нибудь необычный след, что говорило о непростой родословной, зачастую весьма интересной.

Четыре-пять лет назад я сделал себе ДНК-тест. Точнее, два теста - один для определения Y-гаплогруппы, второй - исследование аутсомной ДНК. Последний, как мне кажется, оказался мне более полезен, потому что дал возможность напрямую сравнить себя как с древними, так и с современными людьми.   Интересно было что-то узнать о каких-то более далеких временах, от которых не осталось архивов. Спроецировать себя на генетико-историческую карту.  Хотя интересно было и насколько я типичен для моей местности. Сегодня хотел бы сохранить здесь кое-какие итоги, чтобы не лазить бесконечно по документам, папкам и диалогам. В основном, это будут итоги по аутосомному тесту и сравнению с современными группами. Обычно такие штуки называют этнопопуляционными тестами. Но стоит оговориться, что такие тесты подразумевают близость к той или иной популяции

Чем интересен аутосомный тест?  Попробую объяснить как-нибудь попроще. Допустим, сравнив с гаплогруппой. Такие однородительские маркеры, как гаплогруппы Y-хромосомы и митохондриальной ДНК передаются по прямой линии. Например, от отца к сыну. Т.е. выстраивается цепочка сын-отец-дед-прадед-прапрадед и так далее. Причем доходить эти цепочки могут до палеолита, когда появляются основные современные гаплогруппы. Вероятно, вы заметили, что остальные ваши предки при этом остаются в тени. А ведь они с каждым поколением растут в прогрессии. На уровне родителей их два, на уровне бабушек и дедушек уже четыре, на уровне прадедов - восемь. Но гаплогруппа даёт информацию (довольно небольшую) только об одном предке в поколение.

Аутосомный тест работает иначе. Он имеет небольшую глубину- поколений восемь, но учитывает всех предков.  Представьте, ваш геном состоит на примерно 50% из папиного генома, на 50% из маминого. Папин геном состоит из примерно по 50% геномов бабушки и дедушки. Мамин тоже. И так далее. Один отдельный человек уже сам по себе несёт массу информации о своих предках и о своей популяции.  Правда, со временем, доля все более дальнего предка неизбежно падает,  поэтому в вас может и вовсе ничего не быть от предка, который жил тысячу лет назад. Наглядно это можно посмотреть на картинке из книжки Дэвида Райха.

Что мне было известно до того, как я сделал тест? Был кое-какой опыт работы с архивом, благодаря чему удалось углубиться в родословную до 1860-х, но неравномерно с материнской и отцовской сторон. Насколько известно, все  документально засветившиеся в моем поле зрения предки были русскими. По отцовской линии - однодворцы, по материнской - крепостные, получившие волю и ставшие государственными крестьянами задолго до реформы, в начале 19 века. Все они происходили из сёл Воронежской области.

Когда я сделал тест, то получил сырые результаты. Каждая компания исходит из собственной базы и своих математических методов, зачастую выделяя какие-то свои компоненты. Пожалуй, новичка это может привести в уныние. Обнаружив вдруг у себя какой-нибудь 1% Южной Америки мало кто задумается, что это информационный шум и начнёт искать варианты, как его далёкий предок попал с Анд в Архангельск.  К тому же, названия компонентов вообще зачастую неудачны, основаны на современных странах или народах. Вот, например, как выглядел раздел My Origins (Мое происхождение) в личном кабинете компании  FTDNA, где я делал тест.

Казалось бы, стоит искать откуда взялись эти 9% скандинавов или 22% балтов? Или искать каких-нибудь поляков в родословной? Нет, конечно.

Я к моменту теста уже не был новичком и знал, что самое главное заключается в заветном файлике с информацией о своем геноме, который можно скачать и прогнать через специальные этнокалькуляторы (бесплатные) с загруженными академическими выборками. Таких калькуляторов много и они часто заточены на каких-то определенных регионах, дают больше информации. Как правило, они показывают вашу дистанцию до тех или иных групп. Кто ближе, а кто дальше.  Либо разделяют ваш геном на несколько компонентов. По соотношению этих компонентов можно сравнить его с теми или иными группами или потенциально вычленить те или иные влияния.

Такие калькуляторы очень полезны, но не все из них удобны. Вот, например, стандартный калькулятор К-13 с гедматча показал такую картину.

Хороших территориальных выборок по русским тут нет, вот меня и размазало между украинцами из Белгородской области и юго-западными русскими. Последние - тот ещё конструкт. Видимо, туда  объединили весь юг и запад России, кроме Смоленска. Но эти группы не одинаковы.

Лучше всего те калькуляторы, которые содержат как можно большее количество групп интересуемой территории.  Наиболее полезен оказался G25. Он довольно популярен, и его часто используют для анализа древних образцов. Я его тоже часто использовал, например, в постах про генетику викингов или сравнивая современные популяции Восточной Европы. Или когда вычленял предковые компоненты у европейцев. Очень удобная и полезная штука, доступная каждому. Наверное, лучшее, что может использовать непрофессионал.

Этот калькулятор также полезен тем, что содержит довольно большое количество региональных русских выборок.  И вот, что у меня в итоге вышло, когда я забил свои данные.

Чем меньше цифра и выше сама группа, тем она ко мне ближе. Значения меньше 0,025 показывают значимую близость.  Я буду очень похож на представителей таких групп. Судя по значениям, я нахожусь где-то между  рязанцами, тверичами, курянами, орловчанами и украинцами из Днепра.   Примерно вот так.

Меня сначала удивило - почему же я не ближе всего к воронежской выборке? Ведь стоило бы ожидать обратного. Но уточнив информацию по ней, я понял в чем дело. Материал для нее собирался в экспедиции Балановских в селе Репьевка Воронежской области.  Село это заселялось изначально украинцами, теперь уже обрусевшими. Я потом смотрел индивидуальные данные этой выборки, там у людей реально по дистанциям вылазят украинские группы. У меня же все известные мне предки происходили из сел, связанных с русской колонизацией, поэтому и результат у меня что-то между южными и центральными русскими.

В общем, таком был итог моей самостоятельной работы по исследованию своего генома и сравнению его с современными популяциями.

Где-то с полгода назад ещё польстился скидкой и акцией на интерпретацию генома от российской компании Генотек. Там действительно какая-то совершенно смешная цена была, меньше ста рублей. Залил файлик и получил результат, что на 100% ко мне близки русские и украинцы. Там ещё был занятный график, но какого-то  серьезного уточнения это лично мне не дало.

В общем, примерно я понимал, какое место занимаю на генетической карте современных групп. Я иногда захожу на форум Молген (молекулярная генеалогия), где собираются русскоязычные любители  и профессионалы генетики, обсуждают древние и современные образцы, тестирования.  Оттуда узнал о российской ExpertDNA, о которой были весьма восторженные отзывы. Компания эта не делает тесты, но занимается их интерпретацией. И судя по отзывам, делает это весьма недурно. Цена невелика - полторы тысячи деревянных. Еще подкупило, что там в команде некоторые знакомые по Молгену люди, например, Сергей Козлов, написавший на генофонд.рф статью о средневековом владимирце и некоторые другие.  Эти люди занимаются интерпретацией аутосомных тестов с 2012 года. Тем более, база у них существенная, судя по отчётам, набранная и из академических образцов, и из частных тестирований.

И вот чего-то захотелось мне сравнить результаты своих наработок с профессиональной интерпретацией.  Деньги небольшие. Особых неожиданностей не ждал. Больше хотелось сравнить то, что наработал сам с тем, что скажут профессионалы.  Узнать, не ошибся ли я? Отчёт получил довольно быстро. И вот, что получилось:

"Положение исследованного генома показано красным ромбом. Его окружают два чёрных овала; ими выделена зона, где в случае несмешанного происхождения с наибольшей вероятностью находится его предковая группа.

С вероятностью в 50% мои предки происходили из этих групп:

2) русские: Дон, Тамбовская обл.
3) русские: Воронежская обл, Кубань, Липецкая обл, Орловская обл; украинцы: Слобожанщина (Белгород, Сумы, Харьков).
4) русские: рязанская мещёра, Тверская обл.

С вероятностью в 10% из этих:

5) белорусы: юго-восток Беларуси; русские: Белгородская обл, Брянская обл, Курская обл, Смоленская обл.
6) украинцы: Винницкая обл, Волынь, Галиция, Житомирская обл, Полтавская обл, юг Украины.
7) белорусы: полещуки, юго-запад Беларуси; поляки: Польша; украинцы: Черниговская обл.
8 ) русские: Ивановская обл, Татарстан - Арский р-н, Ярославская обл.
9) мокша; эрзя.
10) белорусы: северо-восток Беларуси.
11) русские: Новгородская обл.
12) русские: район рек Ветлуга и Унжа.

Чем краснее, тем ближе ко мне.

Генофонды современных народов формировались длительное время в процессе миграций и смешений. В современной Евразии почти не найти людей, которые будут идеально похожи по своей ДНК на какое-нибудь из племён каменного века. Однако существуют алгоритмы, позволяющие вычислить древние предковые источники ДНК для любого современного генома. Хотя математическая модель содержит долю условности, сравнение с настоящими древними геномами подтверждает её работоспособность. Определив базовые компоненты, можно выявить более общие и масштабные источники формирования генофондов, чем при сравнении с современными популяциями. В нашем отчёте для этого используется алгоритм Admixture (D.H. Alexander, J. Novembre, and K. Lange. Fast model-based estimation of ancestry in unrelated individuals). Показательна модель, где геном раскладывается на девять компонентов: семь из них наиболее характерны для народов Евразии, один для американских индейцев, и один – для африканцев.

---------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------

В общем, вот такие выводы. Что я могу сказать по итогу?  Пожалуй, вопрос с современными группами можно закрыть. Теперь мне понятно своё положение. Я рад, что смог уточнить его благодаря последнему отчету.  Наиболее полезна оказалась первая карта, из которой понятно, что я нахожусь между этими четырьмя группами с большим тяготением к первой. Вероятно, она может отражать гипотетическое происхождение моих предков, когда-то переселившихся в Воронежскую область при её колонизации.

Большего я вряд ли получу, разве, что какие-то не сильно влияющие на общую картину уточнения. Или если начнется массовое тестирование по всей России, что маловероятно.  Но тут больше будут уже реальные совпаденцы-индивиды, а не совпадения с группами. Так, что если вы счастливый обладатель результаты аутосомного теста, имеет смысл заказать отчет на ExpertDNA.

Теперь в личном геноме у меня остался интерес только к палеогенетике, т.е. понимание, как сформировался мой геном в историческом масштабе. Общее понимание этого есть, остается уточнить лишь детали. Еще занятно, что сейчас можно найти близкие древние генетические образцы. Например, на том же G25. Вот, как это выглядит для меня.

Образцы с цифрой менее 0.025 можно считать очень близкими. Но таких у меня нет.  Самый близкий мне на данный момент - образец латенского времени из Венгрии. Он аутлаер , т.е. непохожий на другие образцы из той выборки, нетипичный. Похоже какой-то человек из Восточной Европы. То же касается и второго образца - из Чехии поздней бронзы. На третьем месте - средневековый человек из Сунгиря, древний владимирец древнерусского времени.  Остальные, в основном, славяноподобные образцы из работы по викингам.
Тут только ждать, пока появятся близкие мне образцы по нужным мне территориям. Поэтому и я жду с нетерпением работу про древние образцы с Суздальщины.
Из генетики остается еще гаплогруппа. Но тут мне больше понятно. У меня вполне обычная R1a, с типичным балтославянским субкладом CTS1211.  Его общая история мне более или менее понятна. Тут опять же - только ждать  древние образцы в массовом количестве. Возможно, тогде и будет стимул  копнуть какие-то более глубокие снипы.

Сохранено

</>

Личный опыт этнопопуляционного ДНК-тестирования

В этом посте не будет чего-то интересного по археологии,  истории или палеогенетике.  Просто хочу сохранить кое-какие свои материалы, личный опыт ДНК-тестирования и использования этнокалькуляторов. Генетика меня заинтересовала давно, лет двенадцать назад, когда мне было ...

Читать полностью

Источник

Оставить комментарий

Популярные посты:

uksibsan

Обслуживание сайта: как поддерживать стабильную работу без сбоев

orientalist_v

Студийное фото: "Москва-Пекин"

pantv

4 апреля ● "День Интернета" и " День переезда ЖЖ из США в Россию"...

zed007

ЗнАмение

everstti_rymin

Наша художественная галерея батальной живописи "Свободные кони и люди"

artur_s

Одна из советских тайн

kukmor

Доброе утро! Камчатка

foto_history

Случайное фото

sadalskij

"Проживи незаметно" - вот мой девиз.

• Ранее
• Архив