«Месть» неандертальцев – гены тяжёлого COVID-19
prof_afv — 23.02.2023
— Коронавирус
Этот пост (кроме внесенных сегодня небольших уточняющих поправок) был опубликован более двух дет назад (1-10-2020). Я его повторяю, как введение к новостям о прогрессе в идентификации конкретных генетических вариантов, способствующих развитию тяжёлого COVID-19 («месть» неандертальцев).
Cтатья, которой посвящен этот пост, была опубликована в Nature и в ней всего два автора, что, по нынешним временам, большая редкость (https://www.nature.com/articles/s41586-020-2818-3 ). Один их них это Svante Pääbo, пожалуй, самый авторитетный специалист по молекулярной антропологии. Большая часть того, что мы знаем об «ископаемых ДНК», это результат работы его лично и исследовательской команды, лидером которой он является многие годы. В 2022г за эти исследования ему присуждена Нобелевская премия по медицине и физиологии (https://prof-afv.livejournal.com/129361.html ).
Всё началось с поиска генов, влияющих на тяжесть COVID. Эта «следственная работа» вывела на «подозреваемого» - область длиной 49,4 тысяч пар оснований в хромосоме 3. Этот результат был получен с помощью метода, который называется GWAS (genome wide association study - полногеномное исследование ассоциаций). Это высокотехнологичное и логистически сложное исследование. Но не буду отвлекаться. Результаты GWAS, приведённые на графике ниже, ясны и без понимания того, как они получены. На этом графике (взят из статьи) по оси Х указаны номера хромосом, а по оси Y статистическая оценка разницы в частоте вариантов генетических маркеров у больных и здоровых; пунктир – порог статистической значимости, а красные точки — это генетические маркёры, значимо отличающиеся в сравниваемых группах.
После того как «подозреваемый» был идентифицирован, к «следствию» подключились Svante Pääbo и его соавтор. Они установили, что этот подозрительный кусочек ДНК 3-й хромосомы человека передаётся с минимальными изменениями по «генеалогической линии», доходящей до неандертальцев. Напомню, что ныне живущие люди (Homo sapience – Человек разумный) это не единственный вид людей (по-научному – гоминид) в истории нашей планеты. У нас были дальние родственники, по меньшей мере, два – Неандертальцы (Homo neanderthalensis) и Денисовцы (Homo denisovensis). Отношения «Человека разумного» (по поводу последнего нередко возникают сомнения) с этими «родственниками» были далеко не дружественными. То ли из-за этого, то ли из-за чего-то другого, все гоминиды кроме Homo sapience вымерли. Но следы в геноме человека они оставили. Случилось ли это вследствие любви или «харассмента» сказать невозможно, скорее всего, было и то, и другое. Но результат налицо – несколько процентов геномной ДНК человека происходит от неандертальцев и именно такое происхождение имеет тот вариант участка 3-й хромосомы, присутствие которого увеличивает риск тяжёлого COVID-19 — "неандертальский гаплотип". Увеличение риска при этом не так чтобы драматично, но существенно - отношение шансов (odds ratio) равно 1,7 (95% доверительный интервал 1,27 – 2,26).
Этот «неандертальский гаплотип» повышенной чувствительности к COVID происходят не от неандертальцев вообще, а от того «племени» неандертальцев, которое «квартировалось» в пещере Vindija, расположенной в современной Хорватии. Кстати, из данных представленных в статье следует, что наши «родные неандертальцы» (алтайские) к этому «подарочку» прямого отношения не имеют.
Среди современных людей неандертальские гены чувствительности к COVID (точнее, «неандертальский гаплотип») распределены неравномерно. В одних этнических группах этот гаплотип встречается часто (чаще всего в Бангладеш или у выходцев из этой страны – там 64% гетерозиготы, а 13% -гомозиготы по этому гаплотипу), а в Африке южнее Сахары носителей этих генов вообще нет. Рисунок ниже (взят из статьи) даёт представление о современном географическом распределении носительства этого гаплотипа.
Самый главные вопрос — как конкретно гены и их аллельные варианты, локализованные в этом неандертальском гаплотипе, реализуют свою вредоносную роль при COVID? Он пока остаётся без ответа. Однако, генов и их вариантов (аллелей) в этом гаплотипе не так уж много. Анализ их действия не выглядит как неподъёмная задача. Но не думаю, что здесь можно ожидать чего-то, что будет иметь практическое значение в недалёком будущем.
О том, как продвинулись исследования в этой области за прошедшие два с лишним года, напишу отдельный пост.
Проф_АФВ
|
|
</> |
Онлайн-казино Vavada: от зарождения до завоевания лидирующих позиций и дальнейшего роста 
ВЕЛИКИЙ ФОМИН 
Наша художественная галерея 
Поездка в Китай в начале марта, Пекин ч. 2 
Сын за отца 
Ахмед Китаев. Урок 
