Как получить займ на карту до 30 000 рублей: проверка и скоринг "Здравствуйте, Лара! Я вам уже писала однажды, вы мне ответили и очень этим помогли. Спасибо вам за это еще раз! У меня наверно очень детский вопрос, и он не относится к разряду "жизни и смерти". Я над ним думаю довольно долго, и не могу прийти к какому то окончательному решению. Мне ...
Гениально: сборка генома ВИЧ из ридов коронавируса
cryptopolicy — 25.10.2025
— Коронавирус
Пропустил я одну работу, в рамках которой неизвестный математик из Гамбурга провел контрольный эксперимент по сборке генома ВИЧ из образца ВИЧ-отрицательного пациента.
Он изначально анализировал генетический материал из бронхолегочного лаважа пациента из Уханя из исследования, в котором был «открыт» SARS-CoV-2. Китайцы в том исследовании выделили из лаважа весь генетический материал, размножили его посредством ПЦР и запихнули в секвенатор. Секвенатор нагенерил короткие считывания, многие из которых сошлись к «эталонному» (референсному) геному коронавируса (вроде к SARS-Cov-1) и типа так и был «окрыт» новый коронавирус. Все считывания, соответственно, попали в геномную базу.
Математик скачал эту базу и попробовал собрать геном SARS-CoV-2 с помощью примерно того же программного обеспечения, которое используют вирусологи, и с использованием какого-то из референсных геномов коронавируса. Ему это надо было для поиска в геноме коронавируса областей, которые имели признак артефактных (возникших в ходе ПЦР) и областей, происхождением из геномного материала человеческих клеток.
Затем в качестве референсного генома он взял один из геномов ВИЧ (LC312715.1) и попробовал из тех же самых коротких считываний из лаважа собрать этот геном. И геном собрался, покрытие 100%.
Потом он сменил референс на вирус кори, и геном вируса кори у него тоже собрался из этих же считываний генетического материала из лаважа, покрытие 100%.
Это серьезная заявка на то, что геномы вирусов являются артефактами процедуры «выделения» вирусов, процедуры секвенирования и процедуры программной сборки из коротких считываний.
Виват, Стефан Ланка!
Оставить комментарий
Популярные посты:
Архив записей в блогах:
Рост заразившихся коронавирусом в России, в том числе в Москве, обусловлен повышенной мобильностью людей, пренебрежением мерами профилактики и недостаточными темпами вакцинации. Такое мнение выразил в понедельник директор Центра им. Гамалеи профессор Александр Гинцбург. Timeo Danaos et ...
А если оно ещё и патриотическое, это вдвойне замечательно. Александр Лопатин, 1948 года рождения, из Иркутска, хочет представить нам свои стихи. США ударило по Сирии, что непонятно не пойму, когда боеприпасов в изобилии, то ждите простую войну. она проста, проста до жути, своей ...
А вот и они, обещанные ночные заморозки!
Честно говоря, в первый раз вижу такое, хотя подмосковные морозные утра наблюдаю не первый год. Но такого «импрессионизма» — не припомню.
...
21 сентября 1993 года Ельцин подписал указ № 1400, и в стране начался антиконституционный переворот 20 лет назад Конституция пошла по этапу Комментируют Илья Константинов, Александр Куликов, Лев Пономарев История построения «управляемой демократии» началась не с ...
