Индийское кино сегодня: больше чем танцы и песни — что изменилось 
Гендерные различия в здоровье: почему «неодинаковое отношение» важнее 
Тигр и лев. 
Юбиляр дня Евгений Долматовский 
Сокращение бюрократии в здравоохранении США: Риск утраты ключевых данных о 
Утреннее 
Структура иностранных трудовых мигрантов, выполнявших работу у предпринимателей 
Этрета 
давайте наконец не про покупку китаёзов, а про вождение поговорим, про погони
12.05.2024 —
"Экзистенция" - дождаться полуночи
пегамоид установлен!
enka-letka — 15.05.2024
В программе OpenMolcas, которой я пользуюсь для
многоконфигурационных расчетов, генерируется много файлов с
орбиталями. Эти орбитали жизненно необходимо просматривать глазами,
чтобы понять, а вообще хорошие ли эти они, такие ли хочется для
заданных целей, не нужно ли их "обменять" и прочие насущные
вопросы, без которых жизнь квантового химика немыслима. И всё бы
было ничего, но если базисный набор для расчетов слишком большой и
включает f-функции, то сохранить орбитали в стандартном molden
формате уже нельзя. Можно сохранить в формате h5, но этот формат не
просматривают никакие нормальные визуализаторы. У Molcas есть своя
утилита на питоне pegamoid, которая с h5-файлами работать умеет. Я
уже пару раз пыталась ей воспользоваться, но безуспешно, хотя вроде
бы всё очевидно: скачал файл, написанный на питоне, и запустил. Но
нет, вылезают какие-то многочисленные маловнятные ошибки, а также
предупреждения о будущих изменениях в каких-то процедурах. Починить
это мне не удалось ни самой, ни с помощью друга чата. Тогда я вчера пошла другим путем:- через скачанный файл get-pip.py установила для питона "пип": python get-pip.py
- прописала путь к питону и "пипу":export PATH="/cygdrive/c/Users/.../anaconda3:/cygdrive/c/Users/.../anaconda3/Scripts:$PATH"
- установила пегамоид через "пип": pip install
Pegamoid
- дальше из-за разницы путей на винде и линуксе было много проблем и путаницы, но в принципе если пойти в папку, где стоит пегамоид (cd /cygdrive/c/Users/.../anaconda3/Scripts/), его можно запустить питоном (python pegamoid.py), а оттуда уже открывать нужный файл
- или можно добавить функцию в .bashrc (и не забыть source .bashrc)
- дальше из-за разницы путей на винде и линуксе было много проблем и путаницы, но в принципе если пойти в папку, где стоит пегамоид (cd /cygdrive/c/Users/.../anaconda3/Scripts/), его можно запустить питоном (python pegamoid.py), а оттуда уже открывать нужный файл
- или можно добавить функцию в .bashrc (и не забыть source .bashrc)
function pega() {
cd /cygdrive/c/Users/.../anaconda3/Scripts/ && python pegamoid.py "$@"
}
Тогда можно вызывать программу командой pega и выбирать файл для
просмотра.cd /cygdrive/c/Users/.../anaconda3/Scripts/ && python pegamoid.py "$@"
}
- и еще возникают проблемы с размером временной папки пегамоида, когда нужно просматривать большие орбитали. Программа просто вылетает на этапе расчета орбиталей на сетке. Проблема решается, если вручную выбрать больше места в "Set scratch" окошке внутри программы. Например, для комплекса Зохре я увеличила максимальный размер с 1 до 3 Гигов. Может быть есть и другой способ, но пока как-то так.
Сохранено
|
|
</> |
пегамоид установлен!
Оставить комментарий
Популярные посты:
Предыдущие записи блогера :
12.05.2024 —
котлеты с капустой
11.05.2024 —
Джоджо Моейс "Дарующий звезды"
10.05.2024 —
горные приветы из Баварии
11.05.2024 —
маникюр с одуванчиками
10.05.2024 —
розовое пасхальное яйцо
08.05.2024 —
"Гордость и предубеждение" - разные переводы
07.05.2024 —
павловния форчуна
07.05.2024 —
две бабочки на леденцах
05.05.2024 —
значки с Молли
Архив записей в блогах:
В понедельник вечером звали на «Футбольный код» на УТ-1. Если не передумают – пойду, помогу раскручивать тему «Металлиста» с «Карпатами». И задам им тот же вопрос: даже если с помощью юристов и журналистов, которые, как известно, намного честнее ...
Я чувствую, что нас ждут волны отборнейшего срача, поэтому считаю необходимым выступить превентивно. На этом КомКоне в рамках премии "Золотой Куб" приз за лучшую игру на 600 и более человек (далее "600+") не был вручен. Это произошло потому, что ...
Verum Regnum|Наш Regnum. SHOT сообщает, что прозвучало не менее 20 взрывов. По предварительным данным, ВСУ атакуют город беспилотниками типа «Лютый». Предположительно, целью налёта является Новолипецкий металлургический комбинат (НЛМК). Зато авиасообщение с США скоро ...
Комплекс конструктивистских зданий в Петроверигском переулке (дома №№ 6, 8, 10) - один из крупнейших в пределах Бульварного кольца. Он был построен в 1929-1931 годах по проекту архитектора Григория Дакмана, при участии М. Русановой и П. Симакина. Положение длинного фасада определялось ...
более 800 заявлений на позиции для программистов. Два года назад это было 30-50 заявлений, и я хоть и с трудом но находил работу. Не могу выбить полугодовое пособие по безработице из ёбанного штата вирджиния. Вижу кучи нелегалов селящихся кругом, наверное на моё пособие. Преступная ...
