Почему стоит заказать шкаф по индивидуальным размерам: плюсы и особенности проектирования 
журнал «PUCK» - шедевры политической карикатуры 1903 года 
Цветущие экзоты в нашем саду. 
Аффирмация дня 
ПРОГРЕСС 
Из книги "1917-й в письмах и дневниках". 
Дмитрий Анатольевич Белюкин, советский и российский живописец 
Сказки как элемент национальной безопасности 
Массированный взрыв Поповой горы
12.05.2024 —
"Экзистенция" - дождаться полуночи
пегамоид установлен!
enka-letka — 15.05.2024
В программе OpenMolcas, которой я пользуюсь для
многоконфигурационных расчетов, генерируется много файлов с
орбиталями. Эти орбитали жизненно необходимо просматривать глазами,
чтобы понять, а вообще хорошие ли эти они, такие ли хочется для
заданных целей, не нужно ли их "обменять" и прочие насущные
вопросы, без которых жизнь квантового химика немыслима. И всё бы
было ничего, но если базисный набор для расчетов слишком большой и
включает f-функции, то сохранить орбитали в стандартном molden
формате уже нельзя. Можно сохранить в формате h5, но этот формат не
просматривают никакие нормальные визуализаторы. У Molcas есть своя
утилита на питоне pegamoid, которая с h5-файлами работать умеет. Я
уже пару раз пыталась ей воспользоваться, но безуспешно, хотя вроде
бы всё очевидно: скачал файл, написанный на питоне, и запустил. Но
нет, вылезают какие-то многочисленные маловнятные ошибки, а также
предупреждения о будущих изменениях в каких-то процедурах. Починить
это мне не удалось ни самой, ни с помощью друга чата. Тогда я вчера пошла другим путем:- через скачанный файл get-pip.py установила для питона "пип": python get-pip.py
- прописала путь к питону и "пипу":export PATH="/cygdrive/c/Users/.../anaconda3:/cygdrive/c/Users/.../anaconda3/Scripts:$PATH"
- установила пегамоид через "пип": pip install
Pegamoid
- дальше из-за разницы путей на винде и линуксе было много проблем и путаницы, но в принципе если пойти в папку, где стоит пегамоид (cd /cygdrive/c/Users/.../anaconda3/Scripts/), его можно запустить питоном (python pegamoid.py), а оттуда уже открывать нужный файл
- или можно добавить функцию в .bashrc (и не забыть source .bashrc)
- дальше из-за разницы путей на винде и линуксе было много проблем и путаницы, но в принципе если пойти в папку, где стоит пегамоид (cd /cygdrive/c/Users/.../anaconda3/Scripts/), его можно запустить питоном (python pegamoid.py), а оттуда уже открывать нужный файл
- или можно добавить функцию в .bashrc (и не забыть source .bashrc)
function pega() {
cd /cygdrive/c/Users/.../anaconda3/Scripts/ && python pegamoid.py "$@"
}
Тогда можно вызывать программу командой pega и выбирать файл для
просмотра.cd /cygdrive/c/Users/.../anaconda3/Scripts/ && python pegamoid.py "$@"
}
- и еще возникают проблемы с размером временной папки пегамоида, когда нужно просматривать большие орбитали. Программа просто вылетает на этапе расчета орбиталей на сетке. Проблема решается, если вручную выбрать больше места в "Set scratch" окошке внутри программы. Например, для комплекса Зохре я увеличила максимальный размер с 1 до 3 Гигов. Может быть есть и другой способ, но пока как-то так.
Сохранено
|
|
</> |
пегамоид установлен!
Оставить комментарий
Популярные посты:
Предыдущие записи блогера :
12.05.2024 —
котлеты с капустой
11.05.2024 —
Джоджо Моейс "Дарующий звезды"
10.05.2024 —
горные приветы из Баварии
11.05.2024 —
маникюр с одуванчиками
10.05.2024 —
розовое пасхальное яйцо
08.05.2024 —
"Гордость и предубеждение" - разные переводы
07.05.2024 —
павловния форчуна
07.05.2024 —
две бабочки на леденцах
05.05.2024 —
значки с Молли
Архив записей в блогах:
Друзья, поделитесь опытом. Имеется мальчик 6,5 месяцев, 73 см ростом. На днях он научился стоять на коленках у опоры, и ему это ужасно понравилось. Падает, конечно, пока в неожиданных местах и направлениях, бегаем, ловим его. В какой-то момент посадила его в кроватку, чтоб пару минут быт ...
В Народной Корее... руководители страны сами подают пример скромности в осуществлении служебных поездок и заботятся о попутчиках-пешеходах. Разумеется, личный пример в этом лично подавал бессмертный Президент Ким Ир Сен. Один из волнующих ...
В украинском Кривом Роге на месте снесенного памятника поэта Александра Пушкина неизвестные нанесли надпись: "Пушкин вечен, а вы — нет".Как сообщает украинское издание "Страна", надпись появилась на оставшемся после демонтажа памятника каменном постаменте.Напомним, что решением ...
Вас в детстве доедать учили? Наверняка. Практически всех, кого я знаю, учили не оставлять ничего на тарелке. Синдром голодного века. А вдруг завтра война, а я голодный?!. Культура питания – это не только и не столько культура питания, сколько склад психики. Меня не учили доедать. ...
Несмотря на успех в качестве архитектора, личная жизнь Монферрана была сопряжена с трагедиями. Он потерял жену и дочь от туберкулеза, а его сын умер в младенчестве. А если отойти от легенд сам Монферран умер в 1858 году, предположительно от кровоизлияния в мозг. Долгое время ...
