Когда без такелажной компании не обойтись
12.05.2024 —
котлеты с капустой
пегамоид установлен!
enka-letka — 15.05.2024
В программе OpenMolcas, которой я пользуюсь для
многоконфигурационных расчетов, генерируется много файлов с
орбиталями. Эти орбитали жизненно необходимо просматривать глазами,
чтобы понять, а вообще хорошие ли эти они, такие ли хочется для
заданных целей, не нужно ли их "обменять" и прочие насущные
вопросы, без которых жизнь квантового химика немыслима. И всё бы
было ничего, но если базисный набор для расчетов слишком большой и
включает f-функции, то сохранить орбитали в стандартном molden
формате уже нельзя. Можно сохранить в формате h5, но этот формат не
просматривают никакие нормальные визуализаторы. У Molcas есть своя
утилита на питоне pegamoid, которая с h5-файлами работать умеет. Я
уже пару раз пыталась ей воспользоваться, но безуспешно, хотя вроде
бы всё очевидно: скачал файл, написанный на питоне, и запустил. Но
нет, вылезают какие-то многочисленные маловнятные ошибки, а также
предупреждения о будущих изменениях в каких-то процедурах. Починить
это мне не удалось ни самой, ни с помощью друга чата. Тогда я вчера пошла другим путем:- через скачанный файл get-pip.py установила для питона "пип": python get-pip.py
- прописала путь к питону и "пипу":export PATH="/cygdrive/c/Users/.../anaconda3:/cygdrive/c/Users/.../anaconda3/Scripts:$PATH"
- установила пегамоид через "пип": pip install
Pegamoid
- дальше из-за разницы путей на винде и линуксе было много проблем и путаницы, но в принципе если пойти в папку, где стоит пегамоид (cd /cygdrive/c/Users/.../anaconda3/Scripts/), его можно запустить питоном (python pegamoid.py), а оттуда уже открывать нужный файл
- или можно добавить функцию в .bashrc (и не забыть source .bashrc)
- дальше из-за разницы путей на винде и линуксе было много проблем и путаницы, но в принципе если пойти в папку, где стоит пегамоид (cd /cygdrive/c/Users/.../anaconda3/Scripts/), его можно запустить питоном (python pegamoid.py), а оттуда уже открывать нужный файл
- или можно добавить функцию в .bashrc (и не забыть source .bashrc)
function pega() {
cd /cygdrive/c/Users/.../anaconda3/Scripts/ && python pegamoid.py "$@"
}
Тогда можно вызывать программу командой pega и выбирать файл для
просмотра.cd /cygdrive/c/Users/.../anaconda3/Scripts/ && python pegamoid.py "$@"
}
- и еще возникают проблемы с размером временной папки пегамоида, когда нужно просматривать большие орбитали. Программа просто вылетает на этапе расчета орбиталей на сетке. Проблема решается, если вручную выбрать больше места в "Set scratch" окошке внутри программы. Например, для комплекса Зохре я увеличила максимальный размер с 1 до 3 Гигов. Может быть есть и другой способ, но пока как-то так.
Сохранено
|
|
</> |
пегамоид установлен!
Оставить комментарий
Популярные посты:
Предыдущие записи блогера :
11.05.2024 —
Джоджо Моейс "Дарующий звезды"
10.05.2024 —
розовое пасхальное яйцо
08.05.2024 —
"Гордость и предубеждение" - разные переводы
07.05.2024 —
павловния форчуна
07.05.2024 —
две бабочки на леденцах
05.05.2024 —
значки с Молли
Архив записей в блогах:
Зачем же недавно осуждённый жулик и вор, представитель так называемой "оппози ции" пошёл на выборы мэра Москвы? Какие же намерения толкают его идти на изначально провальную ...
«Россия наполовину обладает Google, поскольку его создатель Сергей Брин — выходец из России». Игорь Шувалов ...
Продолжение истории про Варю и Сашу ( love-story про куклу из витрины вы уже наверняка видели:). Трудно оторвать взгляд от этой невероятно красивой пары! 1. 2. 3. 4. 5. 6. 7. 8. 9. 10. 11. 12. 13. 14. 15. 16. 17. 18. 19. 20. 21. 22. 23. 24. 25. 26. ...
Дональд Трамп, конечно, не коммунист, а совсем наоборот, но благодаря его победе на выборах политическая жизнь в США бьёт ключом. Некоторых - по голове, но его электорат наверняка доволен. Кроме всем известного обещания прекратить войну РФ с Украиной, на днях он написал, что " многие ...
Ситуация в Афганистане приковала внимание всего мира и её вскоре будут рассматривать на экстренном заседании Совбеза ООН. Тем не менее, поступающая информация противоречива, а различные СМИ и эксперты дают различные картинки происходящего. Как бы то ни было есть определённые ...
