О вариантах «дельта» SARS-CoV-2
prof_afv — 25.06.2021
Общие сведения о том, откуда берутся новые варианты SARS-CoV-2 и как их классифицируют, в предыдущем посте (https://prof-afv.livejournal.com/84035.html). Все VOC (Variant Of Concern – варианты, вызывающие озабоченность) имеют по несколько мутаций. Для каждого варианта набор мутаций индивидуален, но некоторые мутации могут встречаться у нескольких VOC. Особое внимание привлекают мутации в гене белка S. Это понятно, поскольку протективный иммунитет, вызываемый мРНК и аденовирусными векторными вакцинами, обусловлен иммунными ответами именно на этот вирусный белок. Кроме того, все известные нейтрализующие антитела направлены против различных эпитопов белка S. Однако нельзя исключить, что мутации в других генах SARS-CoV-2 могут оказаться практически значимыми, т.е. модифицирующими контагиозность и/или вирулентность вируса. Но пока всё внимание сосредоточено на мутациях в белке S.
У варианта Дельта следующий набор мутаций (замен аминокислот): T19R, R158G, L452R, T478K, D614G, P681R, D950N. Здесь первая буква - аминокислота у исходного «уханьского» варианта; число - позиция этой аминокислоты в белковой последовательности; вторая буква – аминокислота у мутанта.
У варианта «Дельта-плюс» в дополнение к перечисленным выше мутациям есть ещё одна – R417N. Эта мутации входит также в «набор» варианта Бета (B.1.351, южноафриканский). Сенсационная подача варианта Дельта-плюс в СМИ не подкрепляется научными данными. Повышенной контагиозности и вирулентности у этого варианта пока не обнаружено. Число случаев в различных странах единично, максимум десятки. Статус VOC Дельта-плюс присвоен только в Индии, но и здесь пока выявлено всего около 40 случаев. Известен этот вариант уже около 2-х месяцев. Сбрасывать его со счета преждевременно, но пока это не более, чем VOI (Variant Of Interest - вариант, представляющий интерес).
Для того, чтобы выявить мутации нужно секвенировать геномы SARS-CoV-2, в идеале, в каждом диагностированном случае инфекции. В реальности масштабы секвенирования значительно меньше – дело это высокотехнологичное и дорогое. Как обстоят дела глобально и в отдельных странах можно посмотреть на сайте GISAID – международной базы данных, в которой депонируются геномные последовательности SARS-CoV-2 и некоторых других вирусов (https://www.gisaid.org/). В отношении полноты покрытия лучшие результаты у небольших, благополучных стран – Исландия (секвенировано 76% геномов от числа зарегистрированных случаев) и Дания (секвенировано 36% геномов). Из крупных стран лучший показатель у Соединённого Королевства (10,2%). Больше всего секвенировано геномов в США (больше 566 тысяч), но это только 1,7% от числа зарегистрированных там случаев COVID-19. Россия в этой области сильно отстаёт (секвенировано 0,09%). Даже, если предположить, что не все секвенированные в России геномы SARS-CoV-2 депонированы в GISAID, это очень низкий показатель. Но мониторинг вариантов SARS-CoV-2 это отдельная и большая тема.
Возвращаюсь к вариантам Дельта. Главные и очевидные вопросы следующие. Более ли они заразны? Тяжелее ли протекает заболевание, ими вызванное? И главное - повышена ли летальность? Проблема в том, что на эти простые вопросы получить ответы исключительно сложно. Это требует максимальной балансировки сравниваемых групп, что в реальных условиях крайне трудно сделать. К сожалению, часто в качестве ответов на эти вопросы «подсовываются» суррогаты. В лучшем случае это данные по сравнительной нейтрализующей активности антител против разных вариантов или данные, полученные на лабораторных животных. Эти данные необходимы, они дают некий ориентир, но промежуточный и с весьма высокой степенью неопределённости. Значительно хуже, когда в качестве ответов предлагаются «логические умозаключения» на основании, как правило, вырванных из контекста фактов. Чтобы не попадать в эту ловушку надо понимать, что достоверно предсказать заразность и вирулентность новых вариантов SARS-CoV-2, исходя из тех или иных молекулярных особенностей, или их поведению in vitro, при нынешнем уровне знаний невозможно.
В области анализа реальных данных по варианту Дельта наиболее интересны, на мой взгляд, британские данные о протективности вакцин Pfizer-BioNTech и AstraZeneca, оцениваемой по частоте госпитализаций пациентов с COVID-19, вызванным вариантами Дельта и Альфа (это то, что раньше называли британским вариантом). Эти данные представлены в таблице 1 (ниже). Тем, кто не знаком с такими показателями эффективности как OR и HR, советую ограничиться третьим столбцом (VE – vaccine effectiveness в процентах).
Судя по этим данным, обе вакцины достаточно хорошо зачищают от COVID-19, требующего госпитализации, т.е. достаточно тяжёлого. Pfizer-BNT срабатывает чуть лучше, чем AstraZeneca. Ожидаемо, защита после двух доз лучше, чем после одной. Аналогичные данные по Спутнику мне неизвестны, но предположение о том, что разительной разницы с AstraZeneca не будет, мне кажется разумным.
Что касается оценки «ситуации дельта» в целом, то, с точки зрения минимизации индивидуальных рисков, ничего нового: 1) лучше быть вакцинированным, чем невакцинированным и 2) сейчас не время для того, чтобы расслабиться и пренебрегать общеизвестными мерами индивидуальной защиты, скорее наоборот. Кстати, это уменьшает и риски коллективные.
Проф_АФВ
|
|
</> |
Как сложить коробку для пиццы 
Куклы царевен 
Яркие ноябрьские акценты. Бровары-Киев. 
Жёлтый декабрист 
Концерт при свечах 
Икра, колхоз и вата вместо сисек 
Норвежский художник Peder Balke 
Готовьтесь! 17.11.2024 - День чёрных кошек 
Удар по Банкнотно-монетному двору Национального банка Украины 
