БРАВО, НОВОСИБИРСК! КОМПЬЮТЕРНЫЙ ПРОРЫВ

m_kalashnikov — 07.02.2010 Быстрее, чем суперкомпьютер

Новосибирские ученые сконструировали плату, дающую ускорение вычислительным процессам в 20 тысяч раз по сравнению с обычным компьютером.

Плата, разработанная в Институте автоматики и электрометрии СО РАН, представляет собой сопроцессор, монтируемый в корпус стандартного ПК. Основным элементом платы является кристалл кремния реконфигурируемой логики серии Xilinx. В лаборатории программных систем машинной графики ИАиЭ занимаются описанием конфигурации этих кристаллов.



"Описания структуры кристалла, его внутренних соединений это, допустим, 5 толстых книжек. Но если использовать полученную информацию при написании программ, быстродействие программы увеличивается в разы", поясняет заведующий лабораторией Михаил Лаврентьев.


Алгоритм работы платы прописывается при каждой загрузке ПК, он ориентирует вмонтированный сопроцессор на решение конкретной проблемы. Пока с платой ускорения совместимы лишь несколько программ. Например, новосибирские ученые первые в мире применили кристаллы кремния в биоинформатике, создав алгоритм поиска мотивов в геномных последовательностях.



Геном это десятки тысяч нуклеотидов. В них нужно отыскать последовательности из восьми нуклеотидов, которые отвечают за формирования того или иного признака. Подобные просчеты называют расшифровкой генома. Над этой задачей в Новосибирске работает Институт цитологии и генетики СО РАН.



Расчеты производятся на кластере суперкомпьютера и занимают 1,5 дня. Для сравнения: если задачу по поиску геномных последовательностей перенести на обычный персональный компьютер, просчет займет две недели. Если использовать дополнительные вычислительные мощности в виде графического ускорителя, время решения задачи сокращается до 9 часов, что уже превосходит кластер. На специальном графическом процессоре просчет займет 6 часов. А с помощью среднего кристалла серии Xilinx эта же задача решается 20 минут. И ее можно просчитать на обычном ПК, если в процессор будет вмонтирован кристалл.


Пока новосибирские ученые не готовы воплотить впечатляющие результаты в крупный проект.



"Есть плата и алгоритм поиска мотивов, мы владеем технологией создания отдельных элементов. Но создать компьютер нового поколения к этому мы еще не готовы, это силы не одного института", подытоживает Михаил Лаврентьев.
От Максима Калашникова.
Будь это в СССР - прорыв был ы немедленно поддержан и развит. А вот что будет с этим в Эрэфии?

Оставить комментарий

Популярные посты:

• Ранее
• Архив