«Английский мутант» SARS-CoV-2. Что известно и что это значит?
prof_afv — 21.12.2020
Последние дни в «ковидосфере» доминирует новость об «английском мутанте» SARS-CoV-2. Его рабочее обозначение выглядит почти загадочно - VUI-202012/01, но расшифровка банальна – «первый вариант, который исследуется в декабре 2020» (the first “Variant Under Investigation” in December 2020). Напомню, что мутация это любое отклонение в геномной последовательности исследуемого изолята от «канонической» геномной последовательности SARS-CoV-2 (последовательности нуклеотидов в геномной РНК первого «уханьского» изолята SARS-CoV-2). Всего с января 2020 года мутаций обнаружено тысячи (только в белке S их около 4000). Подавляющее большинство из них заметно не влияют на заразность (контагиозность) и болезнетворность (вирулентность) вируса.
В геноме «английского мутанта» есть 17 отличий от канонической последовательности. Почти все из них, скорее всего, «безобидны». Но есть одна «подозреваемая» - мутация в белке S (N501Y; замена аспарагина на тирозин в позиции 501). Она находится в той области белка S (RBD), которая непосредственно участвует в связывании с ACE2 рецептором. При этом эпидемиологические данные показывают, что мутантный вариант вируса быстро распространяется. Степень повышения контагиозности варианта VUI-202012/0, по предварительный оценке, находится в районе 70% . Впервые вариант VUI-202012/01 был обнаружен в сентябре и сейчас на его долю в «эпицентре» (графство Норфолк) приходится около 20% изолятов, геномная последовательность которых определена. Доля мутантного варианта быстро растёт и в других регионах Англии. Однако там, где вариант VUI-202012/01 наиболее распространён, не отмечается всплеска тяжёлых случаев и летальных исходов. Если это действительно так, то вирулентность варианта VUI-202012/01 не повышена. Тем не менее, многие страны, включая Россию, остановили или останавливают авиасообщение с Британией. А во многих районах Англии введён режим «локдаун».
Чем вызваны опасения и насколько они серьёзны? Судя по принимаемым мерам, опасность воспринимается очень серьёзно. Это вполне может оказаться «ложной тревогой». Но нельзя полностью исключить худший вариант – появление более контагиозного и более вирулентного варианта SARS-CoV-2. Кроме этого, существует, чисто теоретическая возможность, что мутация N501Y, помимо повышения контагиозности вируса, может понизить протективную эффективность вакцин, которые только-только начинают применяться массово. Теоретически эта мутация может «разрушить» один их эпитопов, на которые направлены иммунные ответы, вызываемые имеющимися вакцинами. Подчёркиваю, пока эта возможность чисто теоретическая. Нет никаких данных о том, что чувствительность варианта VUI-202012/01 к нейтрализующим антителам у выздоровевших и вакцинированных понижена. Тем более нет никаких данных о том, что COVID-19 у вакцинированных в Англии вызывается преимущественно вариантом VUI-202012/01. Эти исследования сейчас проводятся и думаю, что их результаты скоро станут известными.
А пока... Во-первых, есть теоретическое «успокоение» - иммунные ответы, вызываемые вакциной, направлены против многих эпитопов белка S. Они, так сказать, «диверсифицированы». Поэтому «выход из игры» одного эпитопа не должен существенно сказаться на протективной эффективности вакцин. Во-вторых, то, что тяжесть COVID-19 у инфицированных вариантом VUI-202012/01 не повышается (если это действительно так), косвенно свидетельствует о том, что иммунные механизмы подавления вируса действуют, по крайне мере, столь же эффективно, как и при «обычной» SARS-CoV-2 инфекции. Наконец, возможен и оптимистический сценарий - вариант VUI-202012/01 может оказаться «ослабленным», по сравнению с «обычным» SARS-CoV-2 (доля тяжёлых случаев и летальных исходов меньше). В таком случае, быстрее и с меньшими потерями будет формироваться популяционный иммунитет.
Резюмирую, в ситуации с вариантом VUI-202012/01 ещё много неопределённости, но, скорее всего, драматического влияния на «курс» эпидемии и эффективность вакцинации она не окажет.
(с) Проф_АФВ
ТТГ норма у женщин: как подготовиться к анализу крови и избежать ошибок 
Туфелька зеленая для НГ. елки. 
AR15 от Концерна Калашников? 
По Малому Золотому Кольцу или как устать от отдыха. Часть III. Рыбинск. 
ПЕРЕКУСЫ 
81 год Робби ван Леувену 
Проеврейская пресса Великобритании задает вопрос 
Логика М 
я эту сказку не перевариваю: "Три поросенка. Ой" по С.Михалкову на Таганке, 
