Продолжаем материться матом по поводу омикрона

urease — 28.11.2021

Со времён предыдущей заметки

Прошло целых два дня и новому варианту дали старую греческую букву: Омикрон (для SEO: B.1.1.529)

Вариант путешествует неплохо, следите за ним, например, на сайте Newsnodes (хрен его знает, что за сайт, в первый раз вижу, выглядит относительно толково для зловредного сайта — если кто-то подозревает)

Эпидемиология

Таблица CONFIRMED CASES любопытная. Чётких случаев 115 — пока никто из них не умер — кажущийся CFR на статистической коленке уже меньше 1%, потенциально 1,073 случаев (опять таки — нет информации о смертях или хотя бы тяжёлых случаях — предполагаем, что все бессимптомные пока — абсолютно нигде нет никакой информации о симптомах связанных с этим штаммом — но ещё не вечер) — стало быть, оптимист может сказать что можно вполне ожидать CFR = 0.1%

Увидел что в Южной Африке щедро умножили подтверждённые случаи ровно на десять, а в соседней Ботсване — только на полтора. Странно. Пойдите по ссылкам — может быть там объяснят. В Голландии — пошёл — выяснилось, что 61 путешественник из ЮАР записан автоматом в подозреваемые после положительного теста на КОВИД в целом.

Почему такая истерия по поводу Омикрона? 

Молекулярщина

Пройдёмте, гражданин, на Nextstrain: выберите branch length = DIVERGENCE

Омикрон отмечен красным пятном: mouseover 

hCoV-19/SouthAfrica/NICD-N21603-DX64204/2021

Collection date: 2021-11-16
Authors: Amoako DG et al
GISAID Clade: GR
S1 mutations: 18
Age: 35
Clade: 21K (Omicron)
Country: South Africa
Current frequency: 0
Admin Division: Gauteng
Emerging Lineage: B.1.1.529 (Omicron)
epiweek: 202146
Host: Human
Mutational fitness: 0.702
Originating Lab: LANCET LABORATORY
PANGO Lineage: B.1.1.263
Submission Date: 3-7 days ago
Region: Africa
Sex: Male
Submitting Lab: National Institute for Communicable Diseases of the National Health Laboratory Service
GISAID EPI ISL: EPI_ISL_6647958
Mutations from root:
   ORF1a: K856R, V1887I, S2083-, L2084I, A2710T, T3255I, P3395H, L3674-, S3675-, G3676-, I3758V
   ORF1b: P314L, I1566V
   S: A67V, H69-, V70-, T95I, G142-, V143-, Y144-, Y145D, N211-, L212I, G339D, S371L, S373P, K417N, N440K, G446S, T547K, D614G, H655Y, N679K, P681H, N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F
   E: T9I
   M: D3G, Q19E, A63T
   ORF7a: P45L
   N: P13L, E31-, R32-, S33-, R203K, G204R
   ORF9b: P10S, E27-, N28-, A29-

говорит что 48 мутаций отделяют его от первоначального штамма, из коих 27 — в белке S (Spike) — ключевой белок действия этого вируса. Непропорционально много, по сравнению с другими белками — 

Это само по себе довольно много, если сравнить со всеми другими «греческими» аминокислотными последовательностями, ближайший по удалённости от корня дерева — Delta с её теперь жалкими 33 мутациями.

Самое первое — большое расстояние по мутациям от оригинала — целых 48

Второе — если прищуриться (других методов зума на этом кривом сайте нет), то видно, что красная линия от красного пятна омикрона тащится очень далеко к корню дерева вдоль череды независимых мутаций аж до самого клейда 20B, что с 9 мутациями (в этом я конечно не уверен, потому что, как я сказал — сайт кривой — и зазумить эту тупую картинку никак нельзя). Так что резюме на сейчас — ближайший по последовательности геном отличается от нового на целых 39 аминокислотных мутаций. 

Того, кто спросит «зайди да бластни последовательность». Я уже пытался приобщиться к пользователям сего «блестящего» сообщества пользователей GISAID официально по работе — «чвяк» сказало болото. Ни ответа, ни привета. В гораздо более приветливом Genbank омикрона ещё нет (Оттуда можно и бластануть одним кликом).

Почему нет? Вопрос. Я вообще не всекаю каким образом GISAID оказался лучшим собирателем по сравнению с Genbankом, на стороне которого административный ресурс — нет последовательности в Genbank — нет публикации. Тем не менее такова селява. 

Небольшая лаба

Я вообще-то намылился руками сварганить эту последовательность (EDIT: pastebin) по мутациям из QII57161 и своими голубыми глазами забластировать. 

Позже — надо делать уборку дома

EDIT2. обещанный бласт (Search expires on 11-29 23:15 pm, тем кто опоздал — бластуйте сами либо верьте на слово)

Первый и невырожденный хит: UBE72259.1

Identities 1247/1270(98%)
Gaps: 3/1270(0%)

Разница в мутациях до ближайшего спайка (23+3)=26

Disclaimer: как я уже сказал, Genbank хранит не всё, что есть в GISAID

Вот бы посмотреть все 3434 генома, что есть в GISAID в процессе секвенирования с исторической точки зрения — отбластировать N-ый геном против предыдущих N-1 по дате submission.

Сдаётся мне, что данный фрукт вылезет первым в списке рекордов. 

На Африку можно списать всё, конечно: населения немеряно — секвенирования мало, скученность большая, народ южный, меры соблюдает меньше чем норвежцы которые наконец с облегчением вернулись к более привычному пределу в 10 футов социального дистанционирования. 

Вот и набежали 26 аминокислотных мутаций в тёмной материи африканского Homo Sapiens.

И, наконец, загадочная вставка PRRA выглядит теперь так в омикроне: HRRA

Оставить комментарий

Популярные посты:

cardemua

Стиль Loft в интерьере помещения с использованием стеклянных перегородок - обзор компании fenix-glass.pro

pereklichka

Национальная политика в образах московского метро

what_2_wear

Войлочная, дизайнерская Zara, 39

powerforpeople

Биткоин по $200 000 не проспите

inetshop_il

Amazon. Походные ботинки Columbia

what_2_wear

Косметическое

elmaspb

Весёлые ребята

irina_chisa

Драконы Петербурга. Часть 6

prilepin

БАКАЛОВ ТАВРИЧЕСКИЙ

• Ранее
• Архив