«Испанский мутант» SARS-CoV-2 бродит по Европе. Но ничего страшного в этом

prof_afv — 30.10.2020

Имя этого «мутанта» SARS-CoV-2 - 20А.EU1. Впервые он обнаружен в Испании, откуда стал  быстро распространяться по Европе. Признаюсь, у меня было искушение использовать в заглавии слово «испанка» (скажем, «испанка 2.0» или «реинкарнация испанки»). Звучало бы броско, не так ли? Но уж запредельный перебор. Ограничился «бродит по Европе»... А посыл этого поста диаметрально противоположный – ничего необычного, и, тем более страшного, не происходит.

Новые генетические варианты SARS-CoV-2 появляются постоянно. Чтобы выжить, вирус должен размножаться. Это предполагает множественные циклы копирования геномной РНК. Вирусный фермент, который осуществляет копирование РНК (РНК-зависимая РНК полимераза) при копировании иногда делает ошибки. Более того, этот фермент у большинства РНК-содержащих вирусов делает значительно больше ошибок, чем его «собрат» копирующий ДНК (ДНК-зависимая ДНК полимераза). Но с SARS-CoV-2 повезло. Его РНК-полимераза умеет «исправлять» некоторые ошибки (proofreading activity). Некоторые, но не все! Таким образом, пока вирус жив, мутации будут генерироваться постоянно, даже если условия недостижимо идеальные (с полным отсутствием химических и радиационных мутагенов). 

Однако далеко не все мутации жизнеспособны. Выживают только те генетические варианты вируса, «приспособленность» которых (fitness) существенно не уступает таковой у других генетических вариантов. Поэтому у генетических вариантов вирусов, циркулирующих в человеческих популяциях, мутации распределены по геному не равномерно. Есть геномные позиции, которые остаются неизменными. Но это не потому, что полимераза не может в этих позициях ошибиться, а потому, что мутанты с такими ошибками не выживают. Такие участки генома называются консервативными. К счастью, у SARS-CoV-2 их много. Но в геноме SARS-CoV-2 хватает и позиций, где мутации возможны. С течением времени формируются «эволюционные коридоры». Внутри этих коридоров могут накапливаться новые мутации. Но шаг за пределы коридора – «расстрел». В одном из таких эволюционных коридоров, которые можно представить как ветви дерева, сосредоточено около 8 тысяч  геномов SARS-CoV-2 (всего сейчас расшифрованы более 157 тысяч полных геномов). Именно в этой ветви появился «побег» 20А.EU1.  Подробности о нём и о распространении этого варианта SARS-CoV-2 в Европе в оригинале статьи на сайте medRhiv (https://doi.org/10.1101/2020.10.25.20219063 ).  Пока это препринт, который не прошёл научного рецензирования. 

Мутант 20А.EU1 отличается от других генетических вариантов SARS-CoV-2 заменой нуклеотидов в четырёх позициях геномной РНК (все замены в геноме  SARS-CoV-2 определяются путём сравнения с «канонической» геномной последовательностью первого «Уханьского» генома). Наиболее значимая из этих мутаций приводит к замене аминокислоты в «знаменитом» гликопротеине S, в позиции 222. Эта мутация называется A222V (аланин заменён на валин). 

Мутант 20А.EU1 впервые был замечен в Испании в 20-х числах июня 2020г. В последующие месяцы он быстро распространился по Европе. К октябрю он «захватил» довольно большую «долю» среди SARS-CoV-2, циркулирующих в Испании, Франции, Италии, Германии, Швейцарии, Нидерландах, Соединённом Королевстве, Норвегии, Швеции и Латвии. На графике ниже (взят из статьи) это отчётливо видно.

Значит ли это, что 20А.EU1 более заразен, чем другие варианты SARS-CoV-2? Или того хуже – он более болезнетворен (вирулентен)? Нет, не значит. Дело в том, что это только на первый взгляд кажется, что если новый вариант вируса «вытесняет» старые, то новый вариант более заразен или «агрессивен». Однако, точно такая же картина может быть объяснена заносом нового варианта и последующим его быстрым распространением внутри сегментов населения, наиболее тесно контактирующих с теми, кто «занёс» вирус. В статье есть много данных, указывающих на то, что реализовался именно этот сценарий. В июне 2020 испанские курорты были открыты для европейцев. Отдыхающие, в основном молодые люди, «подцепили» 20А.EU1 и завезли его в свои страны, где 20А.EU1 быстро распространился в молодёжной среде. Против того, что 20А.EU1 более заразен, чем другие варианты SARS-CoV-2 говорит и то, что нигде он не «вытеснил» другие варианты полностью. Например, в Норвегии «всплеск» этого вируса был кратковременным. Да и в самой Испании в сентябре его доля в новых заражениях стала падать. Всё это хорошо согласуется с гипотезой о множественных заносах 20А.EU1 из Испании и распространении вируса в новом сегменте общей популяции. 

Но даже если вариант 20А.EU1 окажется более заразным (что маловероятно) из этого совсем не следует, что он будет и более болезнетворным. Кстати, вариант SARS-CoV-2 с повышенной инфекционностью уже известен. Он называется  D614G. Подробнее об этом можно прочесть здесь: https://prof-afv.livejournal.com/28403.html и https://prof-afv.livejournal.com/28891.html. Но его вирулентность по сравнению с другими вариантами SARS-CoV-2 не повышена. И, что важнее, антитела, нейтрализующие SARS-CoV-2 не различают варианты D614 и G614. 

В отношении варианта 20А.EU1 такие исследования пока ещё не проведены. Однако, теоретически крайне маловероятно, что  замена аланина на валин в позиции 222 белка S повлияет на чувствительность вируса к нейтрализующим антителам. Что касается болезнетворности, то для корректного сравнения нужно будет определить распределение по тяжести COVID-19 в группах 20А.EU1+ и 20А.EU1-, хорошо сбалансированных по возрасту и другим факторам, модифицирующим тяжесть COVID-19. Вряд ли это будет сделано быстро. Но, на мой взгляд, обнаружение существенной разницы маловероятно. Однако даже если окажется, что вариант 20А.EU1 более вирулентен, в перспективе большее значение будет иметь способность вакцин защищать от этого варианта не хуже, чем от других. А в этом отношении прогноз, на мой взгляд, благоприятен. При условии, что появятся вакцины, защищающие от SARS-CoV-2.

(с) Проф_АФВ

Оставить комментарий

Популярные посты:

geta

Бра как декоративный элемент. Тренды в интерьерах

konstantinus_a

Новый Суперджет, или Тем временем в России

loruta

Первые длинные выходные

stasslu

апрельская Камчатка

reineke_fuchs

А у нас вчера был ЛГБТ-парад

el_tolstyh

"Не брат ты мне, гнида чубастая"

gornomari

К 80 летию Победы. Стих о войне. Махорка

shi_ra

Лайнер Wonder of the Seas компании Royal Caribbean - часть 3, Хлеб Еда

d_v_temnote

Насильственным образом узнала

• Ранее
• Архив