Ходатайство о помиловании Ходорковского было рассмотрено с нарушением порядка

2.  Территориальный орган уголовно-исполнительной системы не позднее чем через пять дней со дня получения ходатайства о помиловании лица, впервые осужденного за преступление небольшой или средней тяжести (в отношении лица, осужденного за тяжкое или особо тяжкое преступление, - не позднее чем через семь дней) представляет его в комиссию, а также информирует о ходатайстве Федеральную службу исполнения наказаний.

Федеральная служба исполнения наказаний ежемесячно, не позднее 15-го числа месяца, следующего за отчетным, представляет в Администрацию Президента Российской Федерации сведения о ходатайствах о помиловании, поступивших в территориальные органы уголовно-исполнительной системы и направленных в соответствующие комиссии.

Администрация Президента Российской Федерации не реже одного раза в квартал представляет Президенту Российской Федерации обобщенные сведения о ходатайствах о помиловании.

Учреждения уголовно-исполнительной системы совместно с органами внутренних дел Российской Федерации осуществляют оперативный обмен информацией о состоящих на учете в уголовно-исполнительных инспекциях и их филиалах лицах, обратившихся с ходатайствами о помиловании. (П.7 Положения)
3. Комиссия не позднее чем через 30 дней со дня получения ходатайства о помиловании представляет заключение о целесообразности применения акта помилования в отношении осужденного высшему должностному лицу субъекта Российской Федерации (руководителю высшего исполнительного органа государственной власти субъекта Российской Федерации). (П.8 Положения)

4. Высшее должностное лицо субъекта Российской Федерации (руководитель высшего исполнительного органа государственной власти субъекта Российской Федерации) не позднее чем через 10 дней со дня получения ходатайства о помиловании лица, впервые осужденного за преступление небольшой или средней тяжести (в отношении лица, осужденного за тяжкое или особо тяжкое преступление, - не позднее чем через 15 дней) и заключения комиссии вносит Президенту Российской Федерации представление о целесообразности применения акта помилования в отношении осужденного или лица, отбывшего назначенное судом наказание и имеющего неснятую судимость (п.9 Положения)
5. У Президента РФ сроков рассмотрения этого ходатайства о помиловании нет, но  Указ Президента Российской Федерации о помиловании в течение двух дней после его издания направляется высшему должностному лицу субъекта Российской Федерации (руководителю высшего исполнительного органа государственной власти субъекта Российской Федерации), в Министерство внутренних дел Российской Федерации, территориальный орган уголовно-исполнительной системы, администрацию учреждения (п.14 Положения).

Кроме, того хотелось бы обрать внимание на обязательное требование об открытости сведений о лицах ходатайствующих о помиловании, которое закреплено в п.10 Положения, согласно которому список лиц, рекомендованных высшим должностным лицом субъекта Российской Федерации (руководителем высшего исполнительного органа государственной власти субъекта Российской Федерации) к помилованию, подлежит опубликованию в средствах массовой информации соответствующего субъекта Российской Федерации в месячный срок со дня принятия такого решения. Опубликованию подлежит информация, содержащая фамилию и инициалы каждого осужденного, рекомендованного к помилованию, а также указание на статью уголовного закона, по которой он осужден. При этом высшее должностное лицо субъекта Российской Федерации (руководитель высшего исполнительного органа государственной власти субъекта Российской Федерации) может также обнародовать мотивы, которыми он руководствовался при принятии соответствующего решения.

Таким образом, поскольку сведений о рассмотрении ходатайства Ходорковского о помиловании не публиковались, высшее должностное лицо субъекта и комиссия субъекта федерации своих решений не принимали, следует придти к выводу, что ходатайство Михаила Ходорковского рассмотрено с нарушением Положения о порядке рассмотрения ходатайств о помиловании в Российской Федерации

(утв. Указом Президента РФ от 28 декабря 2001 г. N 1500). Говоря проще, участие российского народа в этой процедуре тайной немецкой дипломатии было попросту проигнорировано, лицом помиловавшим Михаила Ходорковского.